关于子宫内膜异位症包括巧克力囊肿的发生，目前有许许多多的理论，但仍没有最终定论！最常被引用到的说法是女性经血逆流，沿着输卵管到了骨盆腔再到卵巢表层。这个时候，若是身体里的白血球(清道夫)不够强壮，不够有效能，就会放任它随着月经周期慢慢地形病灶，例如巧克力囊肿或或类似病灶。当然，也有很多其他的说法，例如骨盆腔的细胞转变成(transform)子宫内膜，甚至也有胎儿时期时形成的。
子宫内膜异位症，巧克力囊肿症状：最常见的就是疼痛，尤其是月经周期时的疼痛。再来就是造成不孕，还有会破坏卵巢组织，造成卵巢功能下降。
当然，除了痛经之外，还有一些其他的症状例如拉肚子或是性生活时产生疼痛。值得注意的一点是，疼痛的强弱并不能成为判断子宫内膜异位症严重度的标准。有些人只是轻微的子宫内膜异位症却非常的疼痛，但有些人病情已经非常严重了，却完全没有症状，直到照了B超才发现自己有巧克力囊肿。
子宫内膜异位症的症状除了疼痛和肠胃不适之外，还有将近有½的患者会有不孕的问题出现。这其中有一部分原因是子宫内膜异位症造成了输卵管和骨盆腔的黏连，还有病灶产生的细胞素会影响精子和卵子。所以一旦有子宫内膜异位症的发生，医生都会建议患者尽早怀孕。再来就是卵巢肿癌，有些研究发现子宫内膜异位症的人会增加卵巢癌的发生机率，虽然几率较低，但是还是有追踪的必要的。
在1997年美国不孕症医学会有一个共识，并且2019年年会又重新再度做了一个探讨提及。对于不孕的病人治疗子宫内膜异位症, 手术并不是第一选择(no more a surgical disease)，因为当卵巢切除巧克力囊肿时候多少会伤害到正常的卵巢组织，这也就是很多在手术后AMH会下降较多的原因之一。 所以我们一般会建议病人可以先行冷冻胚胎，再做降调去抑制子宫内膜异位症，最后进行胚胎植入。
还有关于阴道B超下卵巢抽吸巧克力囊肿的治疗方式，2019年美国生殖医学年会也再度重申，这样容易造成日后的卵巢脓疡，所以这种治疗方式尽量避免，若有其必要性，则术前的抗生素避免感染可能必须要考虑使用。
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