《子宫内膜异位症的诊治指南》指出，对子宫内膜异位症（EM）相关不孕症患者，尤其是囊肿直径大于4cm、不孕时间长者，应首选腹腔镜囊肿剔除术，分离囊肿与周围的黏连，开窗吸尽囊内液体，冲洗后剥离囊壁。创面以低功率的电凝或缝合止血，手术时尽量保护正常的卵巢组织，同时行宫腔镜检查和输卵管通液术。其实临床操作中仍需考虑诸多因素，因此手术适应证仍无定论。年轻女性；不孕时间小于4年；男方精液指标正常；子宫正常或可治疗的子宫不孕因素；排卵正常或易治疗的排卵障碍；可选的非手术治疗方法有限；适宜行腹腔镜手术的患者；无腹腔镜手术禁忌证；患者能够接受6~15个月的间歇试孕期等均为应考虑的适应证。生长迅速、超声提示囊肿性质可疑、妊娠过程中潜在破裂风险、IVF前无法取到正常卵巢组织中的卵泡也是手术指征。
手术操作必须尽量减少对卵巢的损伤（不论剥除或者消融技术）。为此，需要有经验的手术医生和适宜的手术方法。EM手术的专业水准与随着卵巢子宫内膜异位囊肿壁一同剥除的卵巢组织量呈负相关。事实上，手术医生的经验会影响IVF妇女手术后的活产率。
消融技术为通过双击电凝、CO2激光、等离子能量汽化等技术破坏囊壁。汽化技术能快速、容易地汽化囊肿的内壁，对正常的卵巢皮质热损伤较小。有文献报道对于一些大的卵巢子宫内膜异位囊肿（超过5~6cm），可以采取两步法：第一次腹腔镜手术活检明确诊断，应用促性腺激素释放激素激动剂（GnRHa）3个月；第二次腹腔镜对内壁进行消融。经GnRHa治疗3个月，卵巢子宫内膜异位囊肿的大小可以减少到50%。窦卵泡计数和抗菌勒激素（AMH）水平测定结果显示：两步法对卵巢功能的损害较之卵巢子宫内膜异位囊肿剥除术要小。
联合手术法兼具剥除和消融两种方法的优点。先采用剥除法切除大部分的卵巢子宫内膜异位囊肿，如果剥除过程中引起出血或者剥离界限不清，则停止囊肿剥除，减少切除正常卵巢组织以及卵巢门而引起出血的风险，然后采用消融技术去除卵巢门附近残留的囊壁。必须仔细
消融所有残留的囊壁以避免复发。在一项使用联合技术的研究中，术后6个月阴道超声检查结果提示基础窦卵泡数（AFC）和卵巢体积正常。
