在试管婴儿的医疗过程中，确实会给患者使用大量的雌激素和孕激素的治疗，而雌激素的刺激有可能会导致子宫内膜异常增生，同时这种对卵巢的刺激也有可能会导致卵巢组织的一些异常的增生，较终发展成一些恶性的肿瘤。
但以上都是理论上的，到目前为止并没有报道表示因为接受了试管婴儿治疗而导致患者发生恶性肿瘤的发病率增高的数据支撑。而在2013年的Journal Fertility and Sterility杂志上，刊登了一组实验，评估长期癌症风险是否与体外受精(IVF)相关。他们对87403名妇女进行了评估和治疗不孕，从1994年9月25日或之后，被跟踪的癌症发展到2011年6月22日。结果发现：体外受精与乳腺癌，子宫内膜癌或卵巢癌的风险没有显著的关系。即便接受1~3个IVF周期的妇女患子宫内膜癌的风险也不显著提高。相反，在接受体外受精和其他生育治疗的妇女中，原位宫颈癌的风险显著降低，浸润性宫颈癌的风险没有显著降低。
另外，虽然做试管婴儿用的药量会非常的大，但并不是长期用药。药物的刺激除了质量要足够之外，还有时间要足够久，而恶性的肿瘤是一个缓慢发展的过程。一般来说，促排卵周期大概也就是十天左右，加上怀孕了以后的黄体支持，那也就是两个月左右，这个时间并不算是一个很长的时间。而且做试管所用的药物并不会长期残存在体内，而是会随着身体的新成代谢给自然代谢掉，加上本身就是控制性促排卵，是以降低促排并发症为前提的。总的来说，做试管婴儿与恶性肿瘤没有相关性。所以，在目前没有证据的情况下，医疗上还是认为做试管婴儿相对安全，导致肿瘤的风险并没有增加。
也就是说，如果癌细胞本身存在，做不做试管婴儿早晚都会发生突变，只是时间问题。即使自然怀孕，也无法避免癌变的发生。但是对没有做试管婴儿指征的病人来说，当然也希望她不要轻易的去选择做试管婴儿，毕竟，这种大剂量的雌孕激素的刺激对机体细胞的异常增生
还是会有一些不良反应的。
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