从组织学来看，子宫内膜由两层组织构成——基底层和功能层。
基底层由很多的螺旋动脉构成，在月经周期中不会发生损伤，而功能层则经历了几种转变，在月经周期的大部分时间中功能层受到毛细血管网的滋养持续增长，而后在月经期几乎脱落干净。
随着排卵的发生，螺旋动脉紧缩，然后功能层毛细血管网的血流量减少。功能层的氧气张力减少，而较低的氧气张力有助于改善和促进受精卵的着床。
在菲薄的子宫内膜中，胚胎的着床接近基底层的螺旋动脉，此处血流量大，氧气张力大，会产生活性氧，而活性氧会阻挠胚胎的发育和着床。
简单说来就是内膜这块土地分两层，基底层很硬，功能层松软。正常的子宫内膜在胚胎着床的时候，松软的那一层会达到一个合适胚胎着床的厚度，胚胎就不会和硬的那一层多接触到。
可是内膜薄的人，松软的那一层准备的不够，而胚胎要想着床还就得扎根在一定的深度，就和硬的那一层接触多了。但这层太硬了又扎根不下去，就着床失败了。
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